El año de 1986 es el del relevo en la presidencia del banco, que ahora pasa a ocupar Emilio Botín y García de los Ríos, hijo del anterior presidente. Botín Ríos había sido designado consejero en 1960, pasando cuatro años después a formar parte de la Comisión Ejecutiva. En 1967 recibe el nombramiento de director general y en 1971 es ya vicepresidente segundo. Tras obtener el cargo de consejero delegado en 1977, su ascenso a la presidencia de la entidad confirma la tradición familiar de ésta en su gerencia y administración. Pasados los años de la crisis bancaria de los setenta y primeros ochenta, que el banco sorteó liberándose de una incómoda cartera industrial formada a lo largo de los últimos treinta años de protección del régimen franquista a la industria, la segunda mitad de los ochenta resulta ser un período abiertamente expansivo, que consolida al Banco de Santander como uno de los primeros establecimientos del país. En 1987 el banco constituye con la Metropolitan Life la sociedad conjunta para operar en el campo de los seguros Santander- Met S.A. En el orden internacional ese mismo año presencia la apertura de una oficina de representación en Tokio, la constitución del Santander International Fund Management Company en Luxemburgo y la cotización de las acciones del banco en Wall Street.
Pero el momento en el que el Santander se desmarca definitivamente como uno de los dos gigantes bancarios de la economía financiera del país viene tras la crisis económica desatada en 1992. Intervenido Banesto por el Banco de España, su posterior subasta celebrada el 25 de Abril de 1994 otorgó a la entidad dirigida por Emilio Botín el control del 48,1% del mismo. En 1998, una OPA lanzada sobre el capital restante de Banesto aseguró al Santander el control efectivo del 97% del banco madrileño. En pleno proceso de redimensionamiento para afrontar los retos que la creación de un espacio económico europeo representa, el Santander buscó la alianza con los más destacados elementos de la gran banca nacional, logrando la fusión con el Banco Central Hispano, anunciada en Enero de 1999. Nace así el Banco Santander Central Hispano (BSCH), el segundo banco europeo por capitalización bursátil tras el Deutsche Bank. El mismo año de su constitución el BSCH consolidó importantes alianzas con otros bancos europeos: con el grupo Champalimaud para adquirir los bancos Totta & Açores y Crédito Predial Portugués y con el Royal Bank of Scotland en apoyo a su OPA sobre el Natwest. El año 2000 ha traído para el banco las adquisiciones del portal financiero en internet Patagon y del banco brasieño Banespa. Igualmente, el BSCH ha reforzado sus lazos con la francesa Société Générale, con participaciones mutuas en el capital social. Para afrontar este esfuerzo inversor, la entidad ha realizado una macroampliación que ha elevado su capitalización bursátil a 51.986,7 millones de euros.
En 1995 comienza un segundo período de intensa expansión en Iberoamerica que permite desarrollar el negocio en Argentina, Brasil, Colombia, México, Perú y Venezuela, al tiempo que se da un nuevo impulso a negocios ya existentes en Chile, Puerto Rico y Uruguay. A partir del año 2000 se incorporan al Grupo, Banespa en Brasil, Grupo Serfín en México y Banco Santiago en Chile. Con ello se afianza la posición del Grupo como primera franquicia financiera en Latinoamérica.
En 2003, el Grupo constituye Santander Consumer, al integrar la alemana CC-Bank, la italiana Finconsumo, Hispamer en España y otras sociedades del Grupo. Esta nueva franquicia de banca de consumo está presente hoy en 12 países europeos (España, Reino Unido, Portugal, Italia, Alemania, Holanda, Polonia, República Checa, Austria, Hungría, Noruega y Suecia), en Estados Unidos a través de Drive Finance y recientemente ha llegado a un acuerdo para iniciar su primera operación en Latinoamérica, en Chile.
En abril de 2004 se realizó el traslado de los servicios centrales en Madrid a la nueva Sede Corporativa, la Ciudad Santander, en la que hoy trabajan 6.800 profesionales.
Ese mismo año, en el mes de noviembre, tiene lugar otro hito relevante: la incorporación al Grupo de Abbey, sexto banco del Reino Unido.
En 2005 Santander llega a un acuerdo para la toma de participación del 19,8% en Sovereign Bancorp, banco número 18 de los Estados Unidos.
En 2006 el Santander obtiene un beneficio récord de 7.596 millones de euros, el mayor de cualquier empresa española e impulsa una fuerte inversión en la banca a clientes y calidad de servicios. “Queremos ser tu banco” en España y otras acciones emprendedoras en Portugal, Abbey y América, son ejemplos de este esfuerzo.
En 2007 Santander celebra su 150 aniversario siendo el duodécimo banco del mundo por capitalización bursátil, el séptimo por beneficios y la entidad con la mayor red de distribución minorista del mundo occidental: 10.852 oficinas. Santander lleva a cabo en consorcio con Royal Bank of Scotland y Fortis la operación de compra de ABN Amro, con la que se adjudica Banco Real en Brasil, doblando así su presencia en ese país.
En 2008, Santander siguió creciendo haciendo importantes adquisiciones en un mercado estratégico para el Banco como es Reino Unido. Así se incorporaron Alliance & Leicester y Bradford & Bingley, con lo que Santander alcanzó la cifra de 1.300 oficinas en el país y se convirtió en el tercer banco de Reino Unido por depósitos. Con 8.876 millones de euros de beneficio Santander se convierte en el tercer banco del mundo por resultados.
En 2009, Santander entra en el negocio de la banca comercial en EEUU con la adquisición de Sovereign, que cuenta con 722 oficinas en el noreste de los EEUU.
En Europa, Santander completa su presencia en 2011 con la adquisición del 100% del tercer banco de Polonia, el Bank Zachodni.
Grupo Santander es el cuarto banco del mundo por beneficios y el octavo por capitalización bursátil. En 2009, alcanzó un beneficio atribuido ordinario de 8.943 millones de euros, un 1% más que el año anterior, y repartió 4.919 millones de euros en forma de dividendos.
