Tras la Guerra Civil, y una vez ampliado de nuevo su capital en 1941, Botín Sanz de Sautuola diseñará un ambicioso plan de expansión para la entidad por él dirigida que se desarrollará en varias fases, a menudo simultáneas. En primer lugar se presentaba el control y consolidación del mercado regional, que realizará con la absorción del Banco de Torrelavega en 1942 y el audaz golpe de mano con el que consigue engullir el antaño todopoderoso Banco Mercantil en 1945, tras dura competencia con el Banco Español de Crédito. Fruto de esta última operación, el Santander entrará en el mercado castellano-leonés a través de la amplia red de sucursales de su extinto rival. Su capital asciende ya a 60 millones de pesetas.
El segundo nivel de expansión lo constituye el mercado nacional, en el que el Banco de Santander se establece paulatinamente en un proceso que dura décadas, en contraste con el rápido control logrado sobre el ámbito regional. Aguijoneado por una legislación restrictiva en materia de sucursales, la entidad inicia su expansión a través de la compra de otras sociedades de crédito. El punto de partida lo constituye en 1942 la absorción del Banco de Ávila, domiciliado en San Sebastián pero con oficinas en Madrid y Ávila. Una operación similar con el Banco Herrero de la Riva da entrada al banco en el mercado riojano. Ese mismo año de 1942 el Banco de Santander consigue inaugurar sucursales en Málaga y Sevilla. En los años siguientes, todo un rosario de entidades absorbidas jalonan la expansión del Santander en el mercado nacional: Banca Hijos de López (1952), Banco Agrario de Baleares (1953), Banco Soler y Torrá (1957), Banco Cid (1967), Banco Jaúdenes Bárcena, Banco de Fomento de Gerona y Mataró (1968), Banco Industrial de Barcelona (1969) y Banco Continental (1970). Con la apertura en 1975 de la sucursal de Soria se completa la presencia de la entidad cántabra en todo el territorio nacional.
