Entre 1875 y 1895 se extiende un período de crecimiento moderado que contrasta un tanto con la gran etapa alcista que se da en el resto del país. La plaza de Santander, sin embargo, se resiente notablemente del descenso de la exportación de harinas por su puerto, lo que retarda su crecimiento. Sin embargo, esta relativa independencia con respecto a la evolución financiera del resto de España permite al Banco de Santander no acusar apenas la gran sacudida de la crisis de 1882 posterior a la febre d’or, que acaba siendo catastrófica para la banca catalana. El período se cierra con un quinquenio de crisis (1890-1895), que hace replegarse al Banco de Santander hacia posiciones más conservadoras. En 1896, tras el fallecimiento de Antonio del Diestro, alcanza la gerencia Rafael Botín y Aguirre, iniciando así una vinculación del apellido Botín con la entidad que dará a ésta un sello característico como banco familiar, que aún conserva.
La pérdida de las colonias en 1898 supuso, sin embargo, un fuerte revés para el banco en tanto marcó el fin de la economía portuaria basada en la exportación de harinas y la importación de productos ultramarinos. Mientras la economía de Cantabria avanzaba a gran ritmo hacía un próspero ciclo minero industrial que se extendería hasta el inicio de la Primera Guerra Mundial, el Banco de Santander se aferraba a sus antiguas prácticas comerciales, permaneciendo aletargado mientras sus competidores, y en especial el Banco Mercantil, experimentabas fuertes incrementos en sus activos. Ni siquiera la ampliación de capital en 1899, que lo dobló hasta situarlo en los 3.500.000 pesetas, evitó que en el plazo de trece años el antiguo Banco de Santander viera cómo el liderazgo de las finanzas regionales le era arrebato por su joven competidor, tanto en recursos propios como ajenos.
